どんなブラウザでも見れるように、文字は細かい指定をしないほうが無難です。フォント名を指定しても必ずしも思った文字が表示され無いこともあるので、どうしても使いたいときは、タイトルだけ使いたいフォントで作った画像を用意し、後は標準設定に任せる方がいいでしょう。
日本語を表示する文字コード体系は、最近の傾向では「Shift_JIS」と「EUC」、「UTF-8」が良く用いられています。WindowsやMacやUnixでは、ほとんど気にすることなく使うことが出来るでしょう。
そもそも文字コードは英語を表示するためだけに作られていたもので、それを日本語用に拡張していった結果、正確に区分するともっと細かく規格が存在するのですが、その辺はブラウザが吸収できる範囲なので、あまり気にしなくても結構です。
OSや機種に依存した文字を使用するのは危険なことです。製作に使用したマシンでは正常に写っても、機種を変えたら違う文字になってしまう状態はサイトの質を問われます。外字に近い文字の使用は出来るだけ控えるようにしましょう。
ただし、機種が限定されると予想されるサイトの場合(iMode専用サイト等)では、データの節約のために機種依存の文字を利用することは、悪いことでありません。優先順位を考えて対応しましょう。
あまり注意すべき点はありませんが、ブラウザやOS・機種によってはテキストボックス等の高さや長さがまちまちのようなので、気をつけてください。
このタグはサーバやスクリプトとの連携をしてはじめて意味を持ちます。「Mailto:」だけでなくさまざまな技術を試してみてください。